Politifolk og soldater omringet migrantgruppen ved landsbyen Vado Hondo, nær grensen til Honduras, før de brukte tåregass.
Soldater slo også mot personer som forsøkte å trenge gjennom barrikadene, ifølge AFP-journalister på stedet.
I møte med sikkerhetsstyrkene trakk migrantene seg tilbake. Noen flyktet tilbake til fjellene, mens andre holdt seg i området. Mange mistet eiendelene sine.
Det er anslått at 9.000 migranter fra Honduras lørdag krysset grensen til Guatemala. De har som mål å komme seg til USA, men først må de gjennom Guatemala og Mexico.
For å begrense spredningen av koronasmitte har Guatemalas sikkerhetsstyrker fått strenge ordre om å ikke la noen passere.
– Gruppen vil ikke slippe gjennom, sa Guillermo Diaz, sjef for migrasjonsmyndighetene i Guatemala.
Migrantene er på flukt fra fattigdom, arbeidsløshet og narkotikarelatert vold. To orkaner som nylig traff Mellom-Amerika, har forverret situasjonen i regionen ytterligere. Migrantene håper på et bedre liv i et USA med Joe Biden som president.
Myndighetspersoner sier at nesten 1.400 av migrantene, deriblant 192 barn, har blitt returnert til Honduras søndag.
