Den mistenkte skal være nestkommandant i den militante gruppa Harkat-ul-Jihad-e-Islami og ifølge avisen The Hindu har han tilstått at angrepet onsdag var overlagt.
Han skal ha blitt arrestert om bord på et tog i går.
Ifølge indiske myndigheter ble 27 personer brent til døde i en muslimsk landsby i delstaten Gujarat vest søndag.
