Som innenriksminister nektet Salvini et kystvaktskip med 116 flyktninger å gå i land i juli 2019. Tross sterk sol, et utbrudd av skabb og mistenkt tuberkulose om bord holdt Salvini skipet til havs i flere dager. Til slutt grep en dommer inn og avgjorde at skipet måtte få gå til havn og slippe flyktningene i land.
Salvini er tiltalt for kidnapping og maktmisbruk, og Italias parlament vedtok i februar å oppheve hans parlamentariske immunitet. Salvini, som leder partiet Ligaen, risikerer 15 års fengsel hvis retten i Catania på Sicilia finner ham skyldig. Om han blir dømt til mer enn to års fengsel får han også forbud mot å stille til valg i seks år, noe som gjør at han ikke kan bli statsminister etter valget i 2023.
Den tidligere innenriksministeren er imidlertid på offensiven. Han har holdt store møter med sine tilhengere i Catania i tre dager, og har uttalt at han «vil erkjenne straffskyld for å ha forsvart Italia og italienere».
